Kualitas lingkungan baik air, tanah dan udara semakin hari semakin terdegradasi. Hal ini membuat tindakan pencegahan pencemaran dan pemantauan kualitas lingkungan telah dilakukan lebih intensif dan berkualitas. Ada beberapa jenis pemantauan kualitas lingkungan dan salah satunya yaitu secara biologi. Metode pemantauan kualitas lingkungan ini bisa dilihat dengan keberadaan beberapa spesies makhluk hidup seperti tumbuhan, serangga, ikan, virus dan bakteri yang disebut sebagai bioindikator. Bakteri sebagai bioindikator dapat digunakan sebagai indikator buruk tidaknya kualitas lingkungan. Kualitas lingkungan yang buruk berarti telah terjadi pencemaran. Beberapa jenis bakteri telah digunakan sebagai bioindikator dalam pemantauan kualitas lingkungan seperti Coliform, Escherichia coli, Streptococcus sp., Pseudomonas sp., Vibrio sp., Clostridia sp., Bifidobacterium pseudolongum, Arcobacter sp., Thiobacillus sp., dan beberapa bakteri lainnya. Beberapa jenis bakteri ini dapat mejadi bioindikator pencemaran limbah rumah tangga (feses manusia dan hewan, air limbah rumah tangga dan lainnya), pencemaran logam berat, minyak mentah dan lainnya.